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L’Institut de virologie et d’immunologie (IVI) est le laboratoire national de ­référence pour 25 épizooties virales, parmi lesquelles dix sont hautement contagieuses. Pour faire face aux exigences toujours plus élevées en matière de diagnostic moderne des épizooties, la division Diagnostic et développement a été restructurée.

Claudia Bachofen, quelles sont vos priorités en tant que nouvelle responsable de la division Diagnostic et ­développement de l’IVI?
Nous devons bien sûr maintenir et développer notre niveau de compétence dans ce qui est notre mission principale, à savoir le diagnostic des épizooties, que ce soit au quotidien ou en situation de crise. Nos équipes expérimentées des laboratoires de Berne et de Mittelhäusern jouent un rôle central à cet égard. Il est en outre essentiel que nous restions à la pointe de la technologie et de la méthodologie. C’est pourquoi l’introduction à l’IVI de méthodes modernes de séquençage, telle la technique de séquençage de nouvelle génération (Next generation sequencing, NGS), est l’une de mes priorités.

À votre avis, quels défis posent le changement climatique et la mondialisation pour le diagnostic des épizooties?
En Europe, nous sommes de plus en plus confrontés à des virus qui étaient auparavant considérés comme exotiques et qu’on ne rencontrait que dans les manuels. En raison notamment de la mobilité humaine, il existe un risque latent de ré(introduction) d’épizooties bien connues, à l’image de la fièvre aphteuse. Selon moi, ce sont cependant les virus établissant un réservoir dans la faune sauvage – comme dans le cas de la peste porcine africaine –, ainsi que les virus à transmission vectorielle qui présentent le plus grand danger. Pour ce qui est de ces derniers, nous ignorons à quoi nous attendre. Ce que nous pouvons affirmer avec certitude c’est que la diversité et la propagation des moustiques et des tiques en Suisse augmentent. Dans une telle situation, les méthodes de NGS peuvent aider à surveiller la diversité virale et à identifier les «nouveaux» virus. Mais nos moyens diagnostiques spécifiques doivent également constamment être adaptés et actualisés pour répondre aux menaces du moment.

L’IVI est notamment le laboratoire de référence pour la diarrhée virale bovine (BVD). Quelles sont les nouveautés en termes de diagnostic?
C’est précisément durant la phase finale, particulièrement délicate, de la lutte contre la BVD que les risques de réinfection sont élevés. En ce moment, nous nous intéressons de près à la question de la distinction, relativement complexe à établir, entre le virus de la BVD et le virus de la Border Disease (BD). Par ailleurs, nous essayons de déterminer si de nouvelles méthodes de séquençage permettraient d’assurer une traçabilité plus précise des chaînes de transmission et nous aider ainsi à identifier les causes des infections restantes.

Vous chapeautez également le Centre suisse de la rage qui, en plus de sa mission fondamentale d’information, procède à de nombreuses analyses. Selon vous, que ­devrait savoir tout vétérinaire au sujet de la rage?
L’importation illégale de chiens et de chats en provenance de régions où la rage – en particulier la rage urbaine – est présente constitue une menace constante. Les vétérinaires sont exposés à un risque particulièrement élevé puisque ce sont eux que les détenteurs d’animaux de compagnie vont consulter lorsque leurs animaux présentent des symptômes neurologiques et des comportements inhabituels. C’est pourquoi, bien que la Suisse soit indemne de rage, il vaut la peine de ne pas négliger ce risque et de faire vacciner son animal à titre prophylactique.
 
L’été dernier, le virus du Nil occidental (West Nile virus, WNV) a été mis en évidence pour la première fois en Suisse, chez des moustiques au Tessin. Quel est le rôle de l’IVI dans ce contexte?
L’IVI est le laboratoire national de référence pour le WNV chez les chevaux, une épizootie à surveiller. Nous étendons actuellement notre champ de compétences aux principaux diagnostics différentiels comme le virus Usutu et le virus de la méningo encéphalite verno estivale. Comme le WNV est une zoonose typique, nous entretenons également des contacts étroits avec des organisations actives dans les domaines de l’entomologie, de la médecine humaine ou de la médecine vétérinaire.

La peste porcine africaine et la grippe aviaire, pour ne citer que ces deux épizooties hautement contagieuses, font actuellement les gros titres: que fait l’IVI dans ce domaine?
L’IVI est le laboratoire national de référence pour toutes les épizooties virales hautement contagieuses. Notre laboratoire de haute sécurité à Mittelhäusern est le seul laboratoire de Suisse habilité à établir des diagnostics officiels des virus concernés. S’agissant de l’influenza aviaire, la situation est un peu particulière, car les analyses primaires sont effectuées par le Centre national de référence pour les maladies des volailles et des lapins (NRGK) et les échantillons nous sont transmis uniquement si la présence d’un virus hautement pathogène est suspectée ou si une caractérisation plus précise est souhaitée.

Vous êtes en train de séquencer les virus de la grippe aviaire qui circulaient cet hiver en Suisse. Avez-vous déjà des résultats?
Grâce aux techniques de NGS, nous effectuons un séquençage complet du virus de l’influenza aviaire trouvé dans les échantillons positifs. En procédant de la sorte, il nous est possible de déterminer rapidement quels génotypes circulent chez les oiseaux en Suisse et d’établir des liens entre différents foyers. De plus, nous pouvons analyser les virus pour voir s’ils présentent des mutations susceptibles de renforcer leur potentiel zoonotique. Jusqu’à présent, nous avons pu identifier trois génotypes H5N1 différents, mais d’autres séquençages sont encore prévus.