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Livestock as possible reservoir of Escherichia albertii in Switzerland
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English
Livestock as possible reservoir of Escherichia albertii in SwitzerlandEscherichia albertii is an emerging zoonotic foodborne pathogen. Its prevalence, distribution, and reservoirs are not yet clearly defined. In this study, we evaluated the occurrence and genomic characteristics of E. albertii in livestock from Switzerland. A total of 515 caecal samples from sheep, cattle, calves, and fattening swine were collected between May 2022 and August 2022 at abattoir level. Using an E. albertii-specific PCR targeting the Eacdt-gene, 23,7 % (51/215) of swine from 24 different farms were positive. One (1 %) out of 100 calves showed a positive PCR result, while all samples from sheep and cattle were PCR negative. Eight E. albertii isolates could be recovered from swine samples and were analysed using whole-genome sequencing. All eight isolates belonged to ST2087 or a ST4619 group subclade, as did most genomes of the 11 available global swine isolates from public databases. These two clusters shared the presence of a virulence plasmid harboring the sitABCD and iuc genes. In summary, we demonstrate that fattening swine constitute an E. albertii reservoir in Switzerland and describe specific swine-associated lineages.
Keywords: Escherichia albertii, pig, swine, calves, cattle, sheep, reservoir
Deutsch
Nutztiere als mögliches Reservoir von Escherichia albertii in der SchweizEscherichia albertii ist ein neu auftretender zoonotischer lebensmittelassoziierter Krankheitserreger. Prävalenz, Verbreitung und mögliche Reservoire sind noch nicht eindeutig definiert. In dieser Studie haben wir das Vorkommen und die genomischen Eigenschaften von E. albertii bei Nutztieren in der Schweiz evaluiert. Zwischen Mai und August 2022 wurden insgesamt 515 Blinddarmproben von Schafen, Rindern, Kälbern und Mastschweinen während des Schlachtvorganges entnommen. Unter Verwendung einer E. albertii-spezifischen PCR, die auf das Eacdt-Gen abzielte, waren 23,7 % (51/215) der Schweine aus 24 verschiedenen Betrieben positiv. Eines (1 %) von 100 Kälbern zeigte ein positives PCR-Ergebnis, während alle Proben von Schafen und Rindern PCR-negativ waren. Acht E. albertii-Isolate konnten aus Schweineproben gewonnen und mittels Ganzgenomsequenzierung analysiert werden. Alle acht Isolate gehörten zu den MLST Sequenztypen ST2087 oder ST4619, ebenso wie die meisten Genome der 11 verfügbaren globalen Schweineisolate aus öffentlichen Datenbanken. Diese beiden Cluster teilten das Vorhandensein eines Virulenzplasmids, das die sitABCD- und iuc-Gene beherbergte. Zusammenfassend zeigen wir, dass Mastschweine ein E. albertii-Reservoir in der Schweiz darstellen und beschreiben spezifische Schweine-assoziierte Bakteriencluster.
Schlüsselwörter: Escherichia albertii, Schwein, Kälber, Rind, Schaf, Reservoir
Français
Le bétail comme réservoir possible d’Escherichia albertii en SuisseEscherichia albertii est un pathogène alimentaire zoonotique émergent. Sa prévalence, sa distribution et ses réservoirs ne sont pas encore clairement définis. Dans cette étude, nous avons évalué l’occurrence et les caractéristiques génomiques d’E. albertii chez le bétail en Suisse. Au total, 515 échantillons cæcaux d’ovins, de bovins, de veaux et de porcs d’engraissement ont été prélevés entre mai 2022 et août 2022 au niveau de l’abattoir. En utilisant une PCR spécifique à E. albertii ciblant le gène Eacdt, 23,7 % (51/215) des porcs provenant de 24 exploitations différentes étaient positifs. Un (1 %) veau sur 100 a présenté un résultat positif à la PCR, tandis que tous les échantillons d’ovins et de bovins étaient négatifs à la PCR. Huit isolats d’E. albertii ont pu être récupérés à partir d’échantillons provenant de porcs et ont été analysés par séquençage du génome entier. Les huit isolats appartenaient au groupe ST2087 ou à un sous-clade du groupe ST4619, comme la plupart des génomes des 11 isolats porcins mondiaux disponibles dans les bases de données publiques. Ces deux groupes partageaient la présence d’un plasmide de virulence hébergeant les gènes sitABCD et iuc. En résumé, nous démontrons que les porcs d’engraissement constituent un réservoir d’E. albertii en Suisse et décrivons des lignées spécifiques associées aux porcs.
Mots-clés: Escherichia albertii, porc, porcs, veaux, bovins, moutons, réservoir
Italiano
L’allevamento di animali da reddito come possibile serbatoio di Escherichia albertii in SvizzeraLa Escherichia albertii è un patogeno zoonotico emergente negli alimenti. La sua prevalenza, distribuzione e i serbatoi non sono stati ancora chiaramente identificati. In questo studio abbiamo valutato la presenza e le caratteristiche genomiche di E. albertii negli animali da allevamento in Svizzera. Tra il maggio e l’agosto 2022, un totale di 515 campioni cecali sono stati raccolti da ovini, bovini, vitelli e suini da ingrasso durante il processo di macellazione. Utilizzando una PCR specifica per E. albertii mirata al gene Eacdt, il 23,7 % (51/215) dei suini provenienti da 24 aziende diverse è risultato positivo. Un vitello (1 %) su 100 ha mostrato un risultato positivo alla PCR, mentre tutti i campioni di ovini e bovini sono risultati negativi alla PCR. È stato possibile ottenere otto isolati di E. albertii da campioni di suini e sono stati analizzati mediante il sequenziamento dell’intero genoma. Tutti gli otto isolati appartenevano al gruppo ST2087 o a un sottoclade del gruppo ST4619, così come la maggior parte dei genomi degli 11 isolati globali di suini disponibili nelle banche dati pubbliche. Questi due cluster condividono la presenza di un plasmide di virulenza che ospita i geni sitABCD e iuc. In conclusione, abbiamo dimostrato che i suini da ingrasso rappresentano un serbatoio di E. albertii in Svizzera e abbiamo descritto specifici lignaggi associati ai suini.
Parole chiavi: Escherichia albertii, maiale, suino, vitelli, bovini, ovini, serbatoio