Wissenschaft | Science

English

In Chad, during a study on tuberculosis in humans and cattle, 52 non-tuberculous mycobacteria (NTM) strains were isolated. By means of INNO-LiPA, PRA-hsp65 amplification and sequencing of 16S rDNA, NTM species of 25/52 isolates were identified. M. fortuitum complex (8) was the most frequent species, followed by M. nonchromogenicum (4) and M. avium complex (4). PRA method could identify M. fortuitum 3rd variant among isolates derived from cattle specimens. This finding could confirm the existence of farcy in the Chadian cattle population as M. fortuitum 3rd variant and putitative pathogen M. farcinogenes can't be distinguished by the methods used in this study. Half of the NTM isolates could not be specified and we considered them as contaminants from the environment.

Keywords: non-tuberculous mycobacteria,Chad,molecular methods,INNO-LiPA assay,PRA amplification,sequencing of the 16S gene

Deutsch

Während einer Studie im Tschad, welche die Tuberkulose bei Mensch und Rind untersucht, wurden 52 nicht-Tuberkulose Mykobakterien (NTM) isoliert. Mit Hilfe von INNO-LiPA tests, PRA-hsp65 Amplifizierung und Sequenzierung der 16S rDNS, konnten 25/52 Isolate identifiziert werden. M. fortuitum complex (8) war die häufigste Spezies, gefolgt von M. nonchromogenicum (4) und M. avium complex (4). Die PRA-Methode konnte bei Isolaten von Kühen die dritte Variante von M. fortuitum identifizieren. Dieser Befund könnte die Existenz von Farcy in der tschadischen Kuhpopulation bedeuten, weil die dritte Variante von M. fortuitum vom vermuteten Farcy-Erreger M. farcinogenes nicht mit den in dieser Studie angewendeten Methoden unterschieden werden kann. Die Hälfte der NTM-Isolate konnte nicht identifiziert werden und wir betrachten diese als Kontaminationen aus der Umwelt.

Schlüsselwörter: Nicht-Tuberkulose Mykobakterien (NTM),Tschad,molekulare Methoden,INNO-LiPA,PRA Amplifizierung,Sequenzierung des 16S Gens

Français

Au Tchad, lors d'une étude de la tuberculose humaine et animale, 52 souches de mycobactéries non tuberculeuses (MNT) ont été isolées. La caractérisation génétique des isolats a été réalisée au moyen des tests INNO-LIPA, PRA-hsp65 et le séquençage du 16 rDNA. 25/52 isolats ont pu être identifié. M. fortuitum le complexe (8) était l'espèce la plus fréquente, suivie par M. nonchromogenicum (4) et M. avium le complexe (4). La méthode PRA a pu spécifier M. fortuitum variante 3 chez le bétail. Cette découverte peut apporter une preuve supplémentaire sur l'existence du farcin dans le cheptel tchadien, sachant que M. fortuitum variante 3 et M. farcinogenes ne peuvent pas être distingués par les méthodes utilisées dans cette étude. L'autre moitié des MNT n'ont pas pu être spécifié et nous les avons considéré comme étant des polluants environnementaux.

Italiano

Durante uno studio in Ciad dove veniva studiata la tubercolosi nell'uomo e nel manzo sono stati isolati 85 micobatteri non tubercolari (NTM). Con l'aiuto del test INNO-LiPA, PRA-hsp65 amplificazione e sequenziamento del 16S r ADN, sono stati identificati 25/52 isolati. La specie più frequente era il complesso M. fortuitum (8) seguito da M. nonchromogenicum (4) e dal complesso M. avium (4). Il metodo PRA ha identificato la terza variante di M. fortuitum in isolati nelle mucche. Questo risultato potrebbe significare l'esistenza del farcino bovino nella popolazione di mucche del Ciad poiché la terza variante di M. fortuitum non può essere differenziata con i metodi utilizzati in questo studio dal probabile agente patogeno M. farcinogenes. Non è stato possibile identificare la metà degli isolati NTM e consideriamo questo come una contaminazione dall'ambiente.